Kościół Polskokatolicki pw. Najświętszego Serca Jezusowego i Narodzenia NMP
Cerkiew pw. św. Mikołaja CudotwórcyZamość leży w obrębie diecezji zamojsko-lubaczowskiej (dekanat Zamość).
Poza czterema kościołami rzymskokatolickimi na Starym Mieście, znajduje się tu jeszcze siedem - w sumie jedenaście kościołów, z czego dziewięć to parafialne:

pw. św. Bożej Opatrzności - ul. F. Zawiszy 10 (Os. Karolówka)
pw. św. Brata Alberta - ul. E. Dembowskiego 24 (Os. Powiatowa)
pw. św. Jana Bożego - ul. Wojska Polskiego (Koszary 22)
pw. św. Katarzyny - ul. L. Zamenhofa 22 (Stare Miasto; parafia katedralna)
pw. św. Krzyża - ul. Partyzantów 98 (Nowe Miasto (Os. Świętego Piątka)
pw. Matki Bożej Królowej Polski - ul. S. Wyszyńskiego 5
pw. św. Michała Archanioła (d. cerkiew prawosławna) - ul. Wojska Polskiego 2
pw. św. Mikołaja (d. cerkiew unicka) (Redemptoryści) - ul. T. Kościuszki 1 (Stare Miasto; parafia Zwiastowania NMP)
pw. Miłosierdzia Bożego - ul. Hrubieszowska 32 (Os. Słoneczny Stok)
pw. Zmartwychwstania Pańskiego i św. Tomasza Apostoła (Katedra) - ul. Kolegiacka 1a (Stare Miasto)
pw. Zwiastowania NMP (Franciszkanie) - ul. Staszica 1 (Stare Miasto)
Dawniej znajdował się w Zamościu również kościół ormiański, w miejscu obecnego hotelu Renesans na Starym Mieście, przy ul. Greckiej. Powstał pod koniec XVI wieku, ale w okresie zaborów (w I połowie XIX wieku) został rozebrany.